L’agora (plan général 6), dont quelques vestiges avaient déjà été dégagés lors des premières campagnes d’avant-guerre, se présente comme une vaste esplanade de type hellénistique. Elle est relativement étroite (env. 45 m de largeur, portiques inclus) mais très longue (env. 150 m jusqu’à la rue qui la relie à la Grande Colonnade ; mais sa longueur pourrait être doublée s’il faut reconstituer l’ensemble par symétrie vers le sud). Elle était accessible à l’est, par une colonnade transversale, dans l’axe même du grand temple oraculaire de Zeus Bêlos (plan général, 9) qui dominait toute la ville antique. La cour du temple (péribole) ouvrait sur l’agora par de hautes fenêtres grillagées. Deux porches monumentaux, sortes de « tétrapyles » formés de colonnes d’un ordre colossal, articulaient les deux extrémités de cet axe transversal, d’une part avec la Grande Colonnade, de l’autre, avec les portiques de la place.

Apamée était en effet connue pour son temple oraculaire dédié à Zeus Bêlos, dont le culte restera ancré jusqu’au IVe siècle de notre ère dans les traditions de cette ville conservatrice, comme en témoignent les auteurs anciens. Des allusions associant la cité au dieu oraculaire nous sont parvenues par Libanius (Or. XLVIII, 14 et Ep. 1351), alors que Théodoret, dans un texte daté de 386 (Hist. Eccl. V, 21, 7-10), mentionne la situation et la taille du temple et nous offre une description dramatique de sa destruction par l’évêque d’Apamée Marcel. Les fouilles ont par ailleurs livré peu de vestiges de ce bâtiment qui surplombait l’agora depuis une hauteur située à l’ouest de cette dernière. Sa superficie atteignait quelque six hectares (env. 200 x 300 m), temple et péribole compris. Des sondages effectués en 1979 et 1981 ont révélé que, de ce gigantesque édifice ne subsistent que les massives fondations en béton de son podium, le reste ayant été systématiquement récupéré après sa démolition. Les recherches archéologiques ont également démontré que c’est toute la zone environnante du temple qui fut désaffectée suite à la destruction de ce dernier. La colonnade transversale fut condamnée par la construction, au VIe siècle, d’une imposante latrine ornée d’un pavement en opus sectile (plan général, 8). De plus, un dépotoir se constitua très vite à l’arrière de cette dernière, témoin de l’abandon de toute la zone à partir de ce moment.

Adossé à l’agora mais faisant partie d’un même programme architectural d’ensemble, le « Tycheion » (plan général, 7) (temple de la Tychè, divinité protectrice de la ville), flanqué d’imposantes cours latérales, ouvrait directement sur la Grande Colonnade par une majestueuse façade. Dès les premières campagnes, F. Mayence et H. Lacoste avaient dégagé plusieurs blocs de cet édifice, dont celui décoré d’un atlante, et mis au jour l’inscription faisant référence à un Tycheion. La reprise des fouilles de ce bâtiment en 2000 permet désormais de mieux comprendre son histoire et sa fonction.

L’agora s’achevait au nord sur un curieux édifice barlong (plan général, 10) (propylées transformés ensuite en basilique civile ?), dont les colonnes de façade sont ornées à leur base d’un calice d’acanthe. Cet édifice avait déjà fait l’objet d’un sondage avant la seconde guerre mondiale. Ce décor particulier, que l’on retrouve à la Porte Sud ainsi que sur l’arc d’Hadrien de Jérash (Gerasa, Jordanie), et deux consoles du mur de fond de la place inscrites au nom de C. Iulius Severus qui remplaça le légat de Syrie en titre, en 132, durant la révolte de Judée, invitent à dater l’état actuel de l’agora du règne d’Hadrien (117-138 ap. J.-C.). Une dédicace à Julia Maesa, grand-mère de l’empereur Élagabal, a par la suite été gravée sur une des consoles de la colonnade du portique occidental, dédicace datable de l’année 218 qui vit la prise de pouvoir d’Élagabal dans le camp voisin de Raphanée.
L’effet des tremblements de terre (peut-être déjà ceux de 526 et 528) est particulièrement spectaculaire au centre de la place : les colonnes des portiques oriental et occidental se sont abattues face à face et le dallage s’est violemment soulevé, éclatant sous la pression des forces sismiques.