Une dizaine d’églises ont été découvertes depuis le commencement des fouilles à Apamée en 1930. Les premiers vestiges de la « Cathédrale de l’est » ont été très tôt dégagés par F. Mayence et H. Lacoste tout comme ceux de la « rotonde », de l’église extra-muros et de l’église à atrium. À partir de 1969, les fouilles reprirent à la Cathédrale mettant au jour une large partie du plan de l’édifice et de magnifiques mosaïques qui ornaient les salles d’un édifice païen antérieur sous-jacent, en partie déjà découverts en 1934, 1937 et 1938. La reprise des travaux à l’église à atrium permit quant à elle de reconstituer l’évolution de l’édifice jusqu’au VIIe siècle. Les travaux reprirent aussi, de 1992 à 1995 et en 1998, dans l’église extra muros située au nord de la Porte Nord (plan général, 34), en 1994 et 1999, dans la basilique nord-ouest (plan général, 27), en 1994 également dans la basilique extra muros de St-Maurice, en 2000 (plan général, 35), dans l’église sud-est proche de l’édifice au triclinos (plan général, 14).

La « Cathédrale de l’est »

La cathédrale occupe un double îlot du plan d’ensemble de la ville, soit quelque 12.000 m2 (plan général, 17). L’ensemble épiscopal ouvre au nord par un porche monumental surélevé par rapport à la voie (A). Une large façade à trois arcs, comparable à celle de Qal‘at Sem‘an, mène au narthex dallé (B), au centre duquel se lit une dédicace du pavement de l’entrée datée de l’épiscopat de Paul, en 533 ap. J.-C. Au-delà, une vaste cour à portiques sur trois côtés (C) conduit à la cathédrale elle-même (D). L’édifice possède un plan central quadrilobé, prolongé à l’est par une longue chapelle axiale (E). Ce plan, qui est à l’origine celui d’un martyrion (sans doute de la Sainte-Croix) et qui remonte au Ve siècle, a subi nombre de modifications après les tremblements de terre de 526 et 528, quand l’église fut transformée en cathédrale : l’exèdre orientale du quadrilobe (F) fut fermée par une abside, contre laquelle s’appuyèrent les degrés demi-circulaires d’un synthronon - où prenait place le clergé - et le trône épiscopal ; au-devant de ce dernier, une grande base moulurée de marbre rose supportait les colonnes d’un ciborium, baldaquin de même matériau dressé au-dessus de l’autel. L’édifice avait été richement décoré par les soins de l’évêque Paul, à qui trois inscriptions attribuent les chapiteaux, les pavements d’opus sectile et la belle mosaïque à scènes de chasse, conservée au Musée archéologique d’Apamée.
Apamée étant devenue vers 415 le chef-lieu de la province ecclésiastique de Syrie Seconde, la cathédrale comportait différentes chapelles annexes et sacristies ainsi que deux baptistères ; elle était entourée de tous les locaux nécessaires à l’administration de l’archevêché. Un véritable palais épiscopal, avec ses thermes privés, complétait l’ensemble. Au nord-est, la zone a été bouleversée par une réoccupation tardive qui en avait fait, à l’époque islamique, une sorte de qaisariya (souk fermé) aux métaux, prolongeant le quartier d’ateliers et de boutiques installé dans la partie nord de l’édifice au triclinos de l’îlot voisin.

À partir de 1970, la mission a repris, sous l’ensemble épiscopal, la fouille d’un bâtiment antérieur qui devait appartenir à la célèbre école de philosophie néoplatonicienne. Ses salles étaient ornées de riches mosaïques datant de la seconde moitié du IVe siècle, parmi lesquelles un tableau figurant le retour d’Ulysse à Ithaque (symbole du retour de l’âme dans sa patrie d’origine), un autre représentant Socrate et six des Sept Sages de la Grèce, ainsi qu’une grande fresque marine représentant le Jugement des Néréides et de Cassiopée.

L’église à atrium

L’église à atrium se situe au sud-est du carrefour entre la Grande Colonnade et l’avenue à portiques sud de la ville (plan général, 13). Son premier état, alors relativement modeste, date du Ve s. ap. J.-C. (probablement vers 420). Il présente un plan presque carré. Le chevet est flanqué de deux chapelles dont l’une contenait, entre autres, les reliques des Saints Cosme et Damien. Au VIe siècle, suite aux tremblements de terre de 526 et 528, l’église fut rénovée, sans doute grâce à une intervention de l’empereur Justinien dont la vénération pour les deux saints est attestée par les textes, et sa superficie s’en trouva presque quadruplée. Un atrium monumental, procédé architectural rare en Syrie, fut ajouté ; l’intérieur de l’édifice fut doublé de deux bas-côtés et le chevet renforcé par une grande abside à pans coupés qui empiéta sur la rue voisine. L’église, comme le reste de la ville, souffrira de l’attaque perse de 573, comme en témoignent des traces d’incendie visibles sur la mosaïque de la chapelle martyrion. L’édifice fut renforcé dans le courant du VIIe siècle par des contreforts aménagés sur son côté nord et qui empiètent, là aussi, sur une rue, en condamnant une portion. Dans le remblai de cette rue, une cinquantaine de tombes furent fouillées en 1966 et 1967. Celles-ci sont pour la plupart postérieures au milieu du VIIe siècle, attestant le fonctionnement de l’église au-delà de la conquête arabe.